故事出现在战国时代，出生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎（吉田清史郎饰），肩负着孩子的希望开启了一流忍者学校——忍术学园——学a。该学园最早由天才忍者大川平次涡正（平干二朗饰）创立，如今他虽年事已高，却依然武功精湛，而且搞怪不断。他更带领忍者学园与死对头稗田八方斋（松方弘树饰）展开了连番激斗。忍术学园的学生们被称为“忍者之蛋”（简称“忍蛋”），乱太郎被编入一年叶组（一年は组），在此他结识了商人之子新兵卫（木村风太饰）和父亲双双阵亡的雾丸（林辽威饰），三个小家伙结成了情深意笃的两人组，从此开始了人们充满补习、重考和诸多失败的幸福学校生活。\r\n某一天，四年叶组出身于理发世家的齐藤鹰丸（沟口琢矢饰）和弟弟齐藤幸隆（鹿贺丈史饰）在家中遭遇刺客万寿鸟（竹中直人饰）、土寿鸟（石垣佑磨饰）的袭击。原来，齐藤父子曾是八方斋麾下毒竹忍者队的成员，虽然已经摆脱了这个邪恶的组织，但是忍者队抑或紧追不舍，誓要取齐藤父子的性命。在这危急关头，园长和八方斋约定了一场较量，只要忍术学园能够冲入毒竹山敲响打鸣寺的大钟，忍者队就彻底抛弃齐藤父子。正所谓初生牛犊不怕虎，一年级的小忍蛋们，在高年级生的支持下决定挑战这个困难而危险的对战。一方是初入学园的新生，一方是拥有丰富实战经验的专业忍者，乱太郎他们能够获得最终的胜利呢